冷藏集装箱是一种在动态条件下作业的，带有制冷设备的大容积包装容器。因为它在全球全天候露天作业，又要承受各种冲击和颠簸，冷藏集装箱控制系统的高可靠要求就特别突出。现代的冷藏集装箱控制系统充分考虑了可靠性，选用单片微机控制精度，增加了智能功用和毛病显现。这对操作检修和完成海洋运送、港口、车站的冷藏集装箱计算机管理是十分有利的。

以20英尺冷藏集装箱控制系统为例加以阐明。冷藏集装箱控制系统由主驱动系统、温度控制器、温度主动记录仪三部分组成。集装箱具有主动冷却（冷冻和冷藏）、主动加热、主动融霜的能力。箱内温度可在-25℃~+25℃范围内（整数）任意设定并主动坚持。记录仪能在31天内接连主动记录箱内温度。温度控制器的显现面板能够显现箱内（供风口、回风口）的温度、制冷机组的作业方法和制冷机组首要部件的工况。
机组发作毛病时，可通过特定的代码显现机组或控制器的毛病部位，宣布报警信号，并依照毛病的等级确认机组的作业状况。
冷藏集装箱电控系统安装在密封的电控箱内，由50/60Hz三相200/400V电源供电，能承受振荡、冲击、盐雾腐蚀和海浪冲刷，能在-40~+50℃环境温度下正常作业。
制冷压缩机把通过蒸发器气化并通过热交流器的低压气体压缩成高压气体，流入冷凝器壁管，用冷凝器电扇强迫风冷（也可一起进行水冷）后，冷凝成为高压的液体，一起把媒质的热量排出箱外。高压的液体通过热气膨胀阀的调节，依据压力大小把媒质分配至蒸发器，热量又在蒸发器内发作交流，蒸发器电扇的作业，把集装箱内的热量带走，使其通过蒸发器变成高温低压的气体，然后再由压缩机把该气体压缩为高压的气体。通过这种接二连三的循环，可把冷藏集装箱箱内的热量排出箱外，使冷藏集装箱内温度下降。在制冷系统中还装有一个热气旁通阀，当要求的制冷速度不快时，可以使膨胀阀的一部分不通过蒸发器而直接返回冷凝器，以下降压缩机的压差，下降能耗。
冷藏集装箱控制系统的任务便是依据设定温度，供风口、出风口的温度，制冷机内各部分的压力，挑选一种上佳的控制方法，控制电磁阀的开闭，使制冷机组依照规定的次序进行最佳作业，并在发作毛病时依据温度、压力或其它传感元件的信号，宣布警报和显现相应的毛病部位。